Como muchas compañías en este campo, el ingreso de Organon en la arena de la psiquiatría tuvo lugar por casualidad.  Una droga originalmente concebida para tratamiento de alergias, resultó poseer cualidades antidepresivas.  Comercializada más tarde como Tolvon®, fue uno de los primeros antidepresivos de segunda generación para evitar el riesgo de la fatalidad por sobredosis y los muchos efectos secundarios preocupantes de anteriores terapias.

Desde entonces, los tratamientos de las enfermedades del sistema nervioso central (SNC) han colocado a Organon a la vanguardia del cuidado de la salud mental y son considerados el segundo pilar fuerte del éxito de la compañía. Las inversiones realizadas en el centro de investigación de Organon sobre SNC en Newhouse, Escocia, reflejan la importancia que la compañía otorga a este área.

Los antidepresivos existentes trabajan modulando los niveles de los neurotransmisores serotonina y noradrenalina en el cerebro.  Remeron® (Promyrtil®), el primer antidepresivo noradrenérgico serotoninérgico selectivo (NaSSA), fue descubierto por medio de la propia exploración de Organon de dicho mecanismo de modulación. Su mecanismo de acción único y su tolerancia por parte de los pacientes explica la causa por la que en forma rápida se convirtió en un éxito comercial.  Recientes ensayos clínicos indican su superioridad ante la fluoxetina y otros inhibidores selectivos de la recaptación de serotonina (IRSS) Organon ha introducido recientemente una nueva formulación con una tableta de disolución rápida para Remeron (Promyrtil), conocido como Remeron® SolTab. Organon continúa con su compromiso de desarollar nuevos antidepresivos y posee varios compuestos en su línea de desarrollo.  La compañía juega también un importante papel en la investigación básica para esclarecer a fondo la causa verdadera de la depresión. Dicha investigación se espera que permita el desarrollo de nuevas generaciones de drogas que actúen en centros completamente novedosos en el cerebro.  En el centro de este trabajo, está el interés en el eje hipotalámico pituitario suprarrenal - el mediador primario del estrés en el organismo. Las potenciales drogas candidatas incluyen los antagonistas receptores de glucocorticoides, y aquí la experiencia incomparable de Organon en química esteroide puede resultar invalorable.

Aunque el tratamiento de la depresión es un tema central en el programa de Organon sobre investigación del SNC, la compañía se encuentra asimismo investigando los antagonistas duales serotonina-dopamina para uso en psicosis.